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水解进程较缓慢，一起受多种要素的影响，是厌氧降解的限速阶段。在酸化这一阶段，上述第一阶段构成的小分子化合物在发酵细菌即酸化菌的细胞内转化为更简略的化合物并分泌到细菌体外，首要包括挥发性有机酸(VFA)、乳醇、醇类等，接着进一步转化为乙酸、氢气、碳酸等。酸化进程是由很多发酵细菌和产乙酸菌完结的，他们绝大多数是严厉厌氧菌，可分化糖、氨基酸和有机酸。
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